L'APF remet six prix lors de son Congrès Annuel.
En 2025 à Lille, l'APF a décerné :
- Le prix Cuvier à Didier Néraudeau
- Le prix Saporta à Francis Amedro
- Le prix d'Orbigny à Manuel Brazidec
- Le prix Depéret à Pierre Orgebin
- Le prix Diversity à Enzo Cordelier