L'APF remet six prix lors de son Congrès Annuel.
En 2026 à Paris, l'APF a décerné :
- Le prix Cuvier à Edwige Masure
- Le prix Saporta à Arnaud Brignon
- Le prix PeerJ à Yann Rollot
- Le prix d'Orbigny à Camille Bader
- Le prix Depéret à Aimie Dorath Döhler
- Le prix Termier à Séléna Cueille