L’Association paléontologique française a pour but de promouvoir la paléontologie et de favoriser la communication entre paléontologues. À cette fin, elle organise un congrès chaque année et publie un bulletin de liaison, le Journal de l’APF. Elle a facilité le développement de la paléontologie en France, en lui donnant plus de visibilité dans des congrès nationaux ou internationaux (en tant qu'organisme partenaire dans leur organisation), particulièrement ceux de géologie.
L’APF est une association loi de 1901, qui est ouverte à tous sur inscription. Elle est administrée par un conseil d'administration composé de 6 membres élus pour trois ans et renouvelable par tiers tous les ans. Ils peuvent se représenter autant de fois qu’ils le souhaitent, à l’exception du président dont le nombre de mandats consécutifs est limité à deux (mais redevient éligible après au moins un mandat d’interruption). Le Conseil choisit en son sein un bureau qui comprend: un Président, un Vice-Président, un Secrétaire, un Trésorier.