L’Association paléontologique française a pour but de promouvoir la paléontologie et de favoriser la communication entre paléontologues. À cette fin, elle organise un congrès chaque année et publie un bulletin de liaison, le Journal de l’APF. Elle a facilité le développement de la paléontologie en France, en lui donnant plus de visibilité dans des congrès nationaux ou internationaux (en tant qu'organisme partenaire dans leur organisation), particulièrement ceux de géologie.
L’APF est une association loi de 1901, qui est ouverte à tous sur inscription. Elle est administrée par un conseil de 6 membres élus pour 2 années; chaque membre n'était rééligible qu'une fois (jusqu’en 2004 ; deux fois depuis). Le Conseil choisit en son sein un bureau qui comprend: un Président, un Vice-Président, un Secrétaire, un Trésorier. L'éditeur du Bulletin et s'il est français, le président de la branche européenne de l'API, sont membres ex-officio du Conseil (mais il y a longtemps que l’API n’est plus représentée au sein du conseil de l’APF).